Sự nghiệp câu lạc bộ Jovan Nišić

Nišić gia nhập Partizan lúc 10 tuổi. Anh ký hợp đồng chuyên nghiệp đầu tiên cùng với câu lạc bộ ngày 13 tháng 2 năm 2016, thời hạn 3 năm.[1] Sau đó, Nišić được gửi đến đội liên kết Teleoptik. Anh giúp đội bóng vô địch Beograd mùa giải 2016–17, do đó giành quyền thăng hạng Serbian First League.